1949年4月22日，她毅然退还宋美龄馈赠的赴台湾机票，与金陵女大一起留守南京，静静地等待着光明的到来。次日，解放军占领南京，她和金陵女大学生们一起加入到了欢迎的队伍中。
不久后，南京政府举办了文化、教育、科学界知名人士座谈会，会上她说道：“金陵女大愿在信仰自由的原则上，为人民服务，在中共领导下，继续为社会培养人才。”
南京刚解放时，解放军没有制空权，国民党常派飞机到处轰炸，有人向她提出学校挂美国国旗以避免被轰炸，她断然拒绝，并掷地有声地说：“不管提出这种建议的人是出于什么目的，悬挂美国国旗是绝对不可以的。现在解放了，在中国的土地上，在中国的学校里，为什么要悬挂美国国旗？这事关民族气节和国家荣誉，我们不能也决不允许这样做。”
五
吴贻芳在执掌金陵女大的23年中，业绩卓著，成了学校的精神支柱。1944年，学校校刊头条刊登了吴贻芳校长因阑尾炎住院治疗的消息，全校师生揪心，一个星期后，同一位置又刊登了她恢复健康的消息，同学们也放宽了心。