4.农业基础设施薄弱，难以支撑现代农业的发展。我国现有的农业水利工程设施大多是20世纪五六十年代修建的，其中大部分已经年久失修，功能老化，配套设施不全，农业保障功能大大下降。全国水库中约有1／3带病运行，60％的排灌工程设施需要维修，许多河道淤积，防洪排涝能力减弱。据调查，20世纪90年代由于水利设施老化，全国农田灌溉面积每年减少33万多公顷。同期我国农业的受灾面积、成灾面积和成灾率都呈明显增大态势。农业基础设施不仅在存量上与新阶段农业的发展不相适应，在增量上也不能满足新阶段农业发展的要求。进入20世纪90年代后，中国农业基本建设的速度明显放慢，农业基建的固定资产交付使用率下降。这些不利情况将会对新阶段中国农业的持续、稳定、健康发展构成巨大威胁。
5.产业化经营组织体系不完善，难以适应市场经济发展。农业产业化经营的关键是建立健全农业社会化服务组织，是这些组织成为农业产业化经营的龙头。目前，在农业产业化经营中存在不少问题。有的地区不顾区域社会经济条件差“一刀切”瞎指挥的倾向，盲目追求某种“模式”、“标准”。表面上轰轰烈烈，但实际活动少，效果差。一些垄断性的国营或集体公司，压低收购价，抬高销售价，损害了农民利益。大量的支农补农资金投入到这些国营和集体企业中，却由于部门利益的膨胀，一手行政干预，一手收费，与农民争利。近几年国家给农民的种粮补贴，相当多部分被农资涨价抵消了，农民并未得到实惠。利益分配机制和风险保障机制不健全，导致公司与农户之间不能真正形成紧密的利益共同体。如果市场价格超过了公司与农户所签合同收购价，农户一般将产品在市场上自由出售，违背与公司的合约，对公司利益造成损害；如果农产品供过于求，市场价格大幅度下降，农产品市场成为买方市场，这时公司从自身利益出发，对合同农户十分挑剔，不愿以较高的合同价或保护价收购农产品，损害农民利益。长期以来，农业产后部门发育严重不足，在这种情况下，部分农户往往是以接收公司的条件为前提而加入合作组织的，使公司具有更大的支配地位。